口腔顎面外科處理的處理範疇除了口腔的軟組織之外，也包含了上下顎骨的病變。口腔內軟硬組織的良性病變有許多種，雖然部份可以藉由臨床視診、X光片做出臨床診斷，但最終診斷都是必須靠病理醫師的切片檢驗報告才能有一個確診。
小唾液腺囊腫
這是一個較常見可能會需要手術處理的疾病。此疾病最常發生在下嘴唇，病患常會形容”醫生我嘴唇腫了一個東西，破掉之後又長出來。”唾液腺囊腫並非是有一群不正常的細胞長成一個囊腫，而是因為唾液管受傷(最常見就是咬到下嘴唇)，使得口水(唾液)流到組織中造成組織漲大，表皮黏膜如果有破裂讓蓄積的口水流出後會消腫，但是表皮長好時，口水還是持續流到組織中而再次腫漲。處理的方法是手術移除患部附近的小唾液腺再加以縫合即可。
骨疣
口腔骨疣或稱為骨隆凸，是一種由顎骨區皮質骨增生所造成之現象，在分類上嚴格來說並不算是腫瘤，而是一種發育異常，只是比較特別的是骨疣是到成年人之後才會開始明顯的增生。有些患者甚至不知道自己顎骨有凸一塊東西，某一天無意發現才來求診。上顎骨疣好發於上顎中線區，下顎則好發於下顎骨舌側小臼齒區域附近。據統計幾乎有接近1/5的人有骨疣，每個人大小不一。口腔骨疣通常不需要處理，除非病患骨疣區域缺牙要製作活動假牙時、或是骨疣區域的口腔黏膜時常潰瘍時才會需要手術移除骨疣(註: 骨疣表面的黏膜通常較薄，有些人在此區域時常容易破皮潰瘍)。
含齒囊腫
這是一種牙齒的發育性囊腫，有時也可能是牙齒在發育時的發炎造成的。臨床上X光的特徵是囊腫包圍著一顆沒有長出來的牙齒齒頸部，最常見的區域是下顎智齒和上顎犬齒。含齒囊腫通常沒有什麼症狀，也常常是在牙科檢查照X光時才發現的。不過有時候它也可能會合併感染，這時候就會出現臉腫起來，類似蜂窩性組織炎的症狀。
造釉細胞瘤/齒源性角化囊腫
這兩種都是長在顎骨裡的病灶，但是是不一樣的疾病。會放在一起介紹主要是它們在X光上的表現有時會很類似，而且有著很重要的共同特徵：手術移除後復發率高。因此上述兩類疾病在治療上有可能要考慮較大範圍的手術切除以減少復發率。這兩種疾病一樣在前期並不會有什麼特別的症狀。但是當病灶範圍越來越大時，病患可能會開始覺得局部腫脹。造釉細胞瘤若置之不理，巨大的腫瘤會造成嚴重的的顏面腫大不對稱，更增加了手術的困難度。兩者在後期都會因為大部分的下顎骨被吸收而造成病理性骨折。